Japan Airlines memperkenalkan langkah-langkah kebersihan baru selama menggunakan layanan terbang dan saat berada di bandara tempat maskapai beroperasi. Kebijakan baru tersebut disampaikan JAL melalui siaran pers yang menjabarkan protokol kesehatan dan keselamatan, antara lain:

-Meningkatkan pembersihan menyeluruh dengan mendisinfeksi konter, peralatan, dan mesin yang digunakan pelanggan dan karyawan.
-Antibakteri untuk membersihkan tangan ditawarkan kepada pelanggan dan tersedia fasilitas sanitasi yang mudah diakses di area bandara, termasuk ruang tunggu keberangkatan.
-Penanda jarak sosial dipasang di area bandara.
–Staggered boarding diterapkan dalam batasan 10 hingga 20 pelanggan.
-Partisi dipasang di konter bandara.
-Staf bandara dan awak kabin diharuskan mengenakan masker.

JAL juga mengharuskan pelanggan memakai masker di bandara dan pesawat. Pelanggan yang tidak memakai masker dan mereka yang merasa tidak enak badan karena demam, mungkin saja diminta untuk tidak melakukan penerbangan. Protokol kesehatan ini tidak berlaku bagi penumpang bayi atau mereka yang memiliki kondisi medis.

Maskapai berbendera Jepang ini juga menghimbau penumpang melakukan check-in secara daring sebelum keberangkatan, demi meminimalisir kontak dengan staf. Sesuai permintaan Kementerian Pertanahan, Infrastruktur, Transportasi, dan Pariwisata, JAL melakukan pemeriksaan suhu tubuh penumpang di Bandara Haneda dan Narita di Tokyo, Bandara Itami dan Kansai di Osaka, Bandara Nagoya, dan Bandara Fukuoka. Pihak maskapai juga melakukan pembersihan dan disinfeksi armada seusai beroperasi, baik untuk penerbangan internasional dan domestik.